随着问天实验舱、梦天实验舱以及神舟载人飞船、天舟货运飞船等更多舱段和飞船的相继加入，空间站组合体的尺寸、质量、惯量以及重心位置等影响姿态控制的核心要素与核心舱单舱相比变化较大，部分参数甚至存在跨数量级的增长。飞船交会对接特别是近距离对接时采用的是相对姿态位置控制方法，空间站运动特性的变化将直接影响飞船的交会对接控制过程。虽然神舟十五号已经成功完成空间站“T”字构型的交会对接任务，但其对接的位置为空间站前向对接口，由于空间站在不同方向上运动特性有所区别，神舟十六号进行的径向对接需要GNC系统依靠自身的能力克服上述变化带来的影响。

神舟十六号在进行径向交会对接任务时，会沿着天和核心舱下方的径向对接口逐渐靠近空间站组合体，从飞船的视角看，天和核心舱、问天实验舱、梦天实验舱、天舟六号货运飞船以及神舟十五号载人飞船均会出现在神舟十六号飞船的视野中，这对于在神舟十六号上安装的、需要以宇宙背景或太阳作为观测目标的测量敏感器会产生视线遮挡。随着神舟十六号飞船和组合体距离逐渐缩短，遮挡会越来越多，需要依靠GNC系统配备的敏感器自身的抗干扰或目标特性识别能力加以屏蔽和区分，或采用不同测量方位、测量体制的备份测量敏感器来保证持续、准确的测量能力。

空间站组合体尺寸的增大还使得飞船和空间站组合体的发动机工作时，羽流间的相互影响相比以往的发射和对接任务变得更加复杂：一方面，飞船在近距离交会过程中需要频繁启动发动机进行相对姿态和位置的调整，这将对空间站姿态产生影响；另一方面，空间站的喷气也会影响飞船的姿态。对于这一问题，需要GNC系统优化发动机分组使用和控制方法，并通过地面仿真计算加以验证，确保交会对接过程在诸多影响下仍能圆满完成。